承担省内重点流域和区域水生态环境规划编制与实施评估、美丽河湖保护与建设、水生态评估考核、水功能区划、水生态环境形势分析、水污染物总量控制等技术支撑工作;开展流域污染治理与生态环境保护的新技术、新设备、新方法研发与推广;开展湖泊-流域“三水”协同综合治理工程咨询;着力打造立足云南并面向全国的高原湖泊流域生态环境研究的创新平台,建成服务云南水生态环境管理决策的科技基地。