院紧紧围绕为政府环境管理和为社会环境保护提供服务的基本宗旨，积极承担重大环保科研、服务项目，取得了较好的成绩。近5年，院共完成800余个各类环境科技项目，先后获得国家级、省部级科技奖7项，国家专利授权150项，发表论250余篇，出版专著35部，覆盖了众多环境保护热点、难点和重点领域。
高原湖泊保护治理领域：积累了九大高原湖泊流域近三十年、数十万个水环境特征数据，集成了流域污染调查和高精度水环境模拟技术体系，在湖滨生态修复、河塘库湿地技术集成、汛期污染综合防控等方面取得重大突破，获得国家级、省级科技奖励6项，发表学术论文100余篇，获得授权专利18项，在滇池、抚仙湖、阳宗海、异龙湖等湖滨带形成了上万亩规模化生态修复应用。连续支撑三个五年规划九湖污染治理顶层设计，形成了百余项“湖泊革命”攻坚的决策支撑成果。
生态产品价值实现领域：开发了适用于高原湖泊流域的生态产品价值核算技术体系并在九湖流域试点，支撑了两轮次赤水河流域云贵川跨省横向生态补偿，为全国全省生态产品价值实现探索实践提供了样板案例，形成的系列专报、建议获国务院和省委省政府领导肯定性批示5篇，成果荣获“云南省社会科学奖一等奖”。
“双碳”研究领域：作为全省最早开展低碳研究的科研机构之一，承担了亚洲开发银行在国内第一个省级低碳项目，实施了8个国家清洁发展机制基金（CDM）赠款项目和数十项省级低碳和气候变化重要项目，配合起草了云南省碳达峰碳中和“1+N”政策体系文件。
固体废物污染防治领域：构建了工业固体废物堆存场所环境风险评估及防控技术体系，应用于全省600余个历史遗留堆场、尾矿库和填埋场。研发了易挥发（砷、汞）低碳热相分离及绿色回收技术，砷、汞脱除率分别达99%、95%，回收率均在95%以上，为我省20余万吨含砷和3000余吨含汞危险废物的安全处置及资源化利用提供了可靠的技术保障。
土壤污染防治领域：建立了污染地块修复治理效果评估新方法，研发了重金属污染土壤稳定化修复新材料，集成了重金属、有机污染地块土壤修复与风险管控技术体系，开发了农用地涉镉污染源“渣—土—水”原位协同管控技术、施工装备与高分子防渗材料。已获授权专利17项，成果被生态环境部《土壤污染风险管控与修复技术手册》收录，入选国家重点环境保护实用技术及示范工程名录。
生态环境规划领域：深化对空间规划、系统分析、智慧决策为核心的规划理论和方法的研究，编制了“十二五”以来省生态文明建设排头兵规划、历次生态环境保护五年规划以及重点流域、重要专项规划，技术支撑我省14个地区成功创建国家生态文明建设示范区和“两山”基地，占我省已命名地区的64%。
农村生活污水治理领域：起草了《云南省农村生活污水处理设施水污染排放标准》，率先提出采用清洁能源、生态治理等适合山区半山区农村生活污水资源化利用的治理模式，在4000余个行政村推广应用，促进全省农村生活污水治理率提升28个百分点，并节约了投资运行成本。
环境风险防控领域：构建了区域流域、产业园区、风险源企业的环境风险调查评估管控和突发环境事件应急处置技术体系，实现261家省重点企业土壤污染隐患智能分析预警。集成岩溶区危险废物泄漏污染地下水应急处置技术，重金属、苯系物等污染物去除率达98%以上，已在我省环境应急处置中应用。
大气污染防治领域：率先搭建了光化学网格模型预测平台，并成功运用于安宁、楚雄等6个产业园区总体规划环境影响大气预测。综合运用卫星遥感、走航和组份监测等技术手段，支撑西双版纳州大气污染防治攻坚，环境空气优良率提升了4.5个百分点，PM2.5浓度下降30％。
生态保护领域：建立了全省生态变化调查与评估技术应用体系，对全省及高黎贡山、金沙江流域等重点区域进行连续监测评估，系统掌握了二十年全省生态系统变化特征。
生态环境智慧治理领域：着力构建集“智慧监测-智能溯源—智慧模拟—绿色治理—综合效应提升”于一体的全过程智慧治理成套技术及决策工具，开发生态环境“智慧大脑”，建成“超算中心”，研发了湖泊智慧管理、环境智能决策、农村生活污水治理、土壤污染重点监管单位和产业园区等多个智慧化监管平台，部分成果入选“十四五”全国生态环境工程创新案例。
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