杨逢乐 党委书记:全面负责院党建工作。分管党委办公室(含老干部、工青妇、统战工作)、高原湖泊保护研究中心。
陈异晖 院 长:全面负责院行政、业务工作。分管土壤环境保护研究中心、环境工程技术研究中心。
王 健 副院长兼纪委书记:负责院纪委工作,分管院办公室、环境规划研究中心、环境风险防控与应急技术研究中心、生态环境保护研究中心、生态环境智慧治理技术研究中心、环境分析测试中心。
梅向阳 副院长:分管计划财务部、科研发展与管理部(含学术委员会、《环境科学导刊》编辑部)、固体废物防治研究中心、环境经济研究中心(含生态环保智库)、大气环境保护研究中心、低碳技术研究中心(含云南省环境地方标准技术委员会)。