云南省生态环境科学研究院直属云南省生态环境厅，建院于1976年，原称云南省环境科学研究所，2004年4月经云南省编办批准，由所改院。2003年，云南省人民政府批准成立“中国昆明高原湖泊国际研究中心”，实行与院一套人员、两块牌子方式运作至今。2018年12月更名为云南省生态环境科学研究院。
主要职责：开展生态环境科研、技术应用与推广，为生态环境管理决策、生态环境保护、重大建设项目等提供技术服务。
人员编制：全院事业编制155人，实有141人;企业聘用150余人，现总计实有290余人。其中博士23人、硕士83人；正高32人，副高86人。全院拥有国家注册咨询工程师11人、国家注册环评工程师25人、国家注册环保工程师4人，有12人获国贴、省贴、省突表彰，2人被评为省中青年学术技术带头人。2人入选省“万人计划”。2人为省委联系专家。多人入选省市专家库。
基础占地：院大院占地30亩，科研楼及辅助楼建筑面积6000平米，固定资产原值1200万元；花红洞基地占地70亩，建筑面积4000平米。全院拥有大中型科研仪器设备53台（套）。
内设机构：院现设有高原湖泊研究中心、土壤环境保护研究中心、大气环境保护研究中心、生态环境保护研究中心、环境规划研究中心、环境分析测试中心、固体废物防治研究中心、环境风险防控与应急技术研究中心、低碳技术研究中心、环境经济研究中心、云南环境工程设计研究中心等11个科研部门及院办公室、院党委办公室、院科研发展与管理部、计划财务部4个管理部门。
科研平台：院建有云南省高原湖泊流域污染过程与管理重点实验室、云南省重金属污染控制工程技术研究中心、云南省生态环境智慧治理技术创新中心、云南生态环保智库（入选CTTI来源智库名录）、博士后流动工作站、专家工作站、湖泊水污染与生态修复国家工程实验室、院技术应用协作创新平台、花红洞实验基地等10个科技创新平台和院学术委员会、云南省环境标准委员会及全国发行科技学术期刊《环境科学导刊》。
资质水平：院持有工程咨询、环境污染治理工程专项设计2个甲级资质和生态防治工程设计、水土保持方案编制2个乙级资质及计量认证资质、环境损害赔偿司法鉴定资质。在全国同类环境保护科研院所及省级科研院所中，云南省环境科学研究院资质拥有数量和等级均居前列。
作用发挥：院作为省厅直属科研单位，每年除配合省厅承担大量科研、规划和政策研究项目外，还承担为省厅相关处室提供及时的日常管理支持支撑，在服务全省重点生态环保工作方面，发挥着较为重要的作用。院长期承担涉及生态环保的各类综合性和专项规划，承担省内重大环保科技项目和政策研究类项目，相当数量科技成果已转化为政府决策文件。
研究成果：院紧紧围绕为政府环境管理和为社会环境保护提供服务的基本宗旨，积极承担重大环保科研、服务项目，取得了较好的成绩。近3个五年规划期间，共完成6000余个各类环境科技项目，涉及国家973、863计划项目、国家基金项目和水体污染控制与治理重大科技专项及国际合作项目等，先后获得国家科技进步奖4项，省部级科技进步奖67项，国家专利授权25项，发表论文800余篇，出版专著60余部。
国内外合作领域及机构：院坚持“开放搞建设、合作谋发展”战略，广泛开展与省内外、国内外环保科研合作，领域涉及高原湖泊、气候变化、环境绩效评估、企业环境管理、生态环境保护、战略环评、低碳发展、水资源综合管理、生物多样性保护、清洁生产、环境管理和扶贫、城市垃圾综合管理、排污许可管理等方面。与国家发改委能源研究所、中国21世纪议程管理中心、环境保护部环境规划院、环保部华南环境科学研究所、清华大学、北京大学、复旦大学、上海交通大学、云南大学等国内学术机构及英国驻华大使馆、英国驻重庆总领事馆、英国东英吉利大学、英国纽卡斯尔大学、世界自然基金会（WWF）、美国能源基金会、亚洲开发银行、奥地利环境培训与国际咨询中心等8家国际知名机构建立了长期稳定的合作协作关系，并取得丰硕的合作协作成果。
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