2022年3月27日，生态环境部印发《关于开展长江生态环境保护修复“一市一策”驻点跟踪研究（二期）工作的通知》（环科财函〔2022〕16号），全国9省56个驻点共同开展。云南省昆明市、昭通市、大理州和丽江市驻点参与，成立了省级驻点工作组，由省生态环境厅挂帅、我院技术牵头，统筹组织云南省驻点跟踪研究，云南省省级及4个城市驻点累计有13个单位120余位科技人员投入工作，扎根一线，“把脉问诊开药方”。2024年底顺利通过长江生态环境保护修复联合研究中心验收，2025年5月正式被评为“优秀省级驻点”。
2022年驻点工作开展以来，我们一是从组织上精心部署研究任务，布局水生态环境调查评估重点水体漾弓江、扎西河、滇池、洱海、清溪水库，覆盖江、河、湖、库；制定《云南省长江生态环境保护修复“一市一策”驻点跟踪研究（二期）工作方案》，明确重点任务、工作机制、工作计划，保障了驻点工作的有序高效推进；创新性地开展阶段性技术交流会，推动驻点工作高质量完成。二是“举一反三”，推动驻点跟踪研究在地方“落地生根”。我院先后在洱海、程海等高原湖泊建立研究中心，在昭通建立工作站，深入研究，支撑西洱河-四级坝、昭鲁大河-石牛口等劣V类断面水质脱劣提升。三是“主动作为”，我院主动扛起责任，针对湖泊、河流汛期污染等重大问题，在洱海、抚仙湖、螳螂川、普渡河等流域深入研究，完成溯源、治理对策方案制定，目前仍在持续开展技术研究与应用示范。
通过驻点跟踪研究，云南省驻点形成了江（金沙江）-河（漾弓江、扎西河）-湖（滇池、洱海）-库（清溪水库）等重点水域水生态调查评估体系及数据库；诊断识别了金沙江流域（云南段）突出水环境问题并提出《云南省金沙江流域生态环境问题诊断及综合解决方案》；支撑西洱河、螳螂川、昭鲁大河等重点水域水质改善；支撑赤水河等入河排污口排查整治等工作，深入打好长江保护修复攻坚战；科学溯源程海氟化物、清溪水库硝酸盐氮，防范生态环境风险；研发和推广应用关键技术8项，提升驻点城市智慧治理能力。向省级和地方政府提交政策建议32份、方案及调研报告26份、地方标准13项，报送简报/专报24份，发布宣传报道115次，发表论文、专著42篇、专利33项、软著16项。
期间，我院在《光明日报》发表《驻点跟踪研究助力云南筑牢长江上游生态安全屏障》，在中国环境报发表《云南：在长江上游筑牢生态安全屏障｜聚焦长江生态保护修复》、《以九湖为代表的云南高原湖泊治理，有哪些实践经验（陈异晖专访）》、《吴学灿：加快构建科技支撑体系，提升云南水生态系统多样性、稳定性和持续性》等报道，扩大了我院在水生态环境保护治理领域的影响力。
